Основные нормативно-правовые документы федерального уровня, определяющие требования к уровню здоровья обучающихся и организации здоровьесберегающей деятельности в системе образования, находятся в противоречии с его реальным состоянием. Это и определяет необходимость анализа ключевых факторов образа жизни, среды обучения и социально-организационных подходов, которые привели к ухудшению здоровья всех участников образовательного процесса. Выделены организационные проблемы снижения здоровья обучающихся и воспитанников. Дано определение здоровьесберегающей деятельности в системе образования и определены основные задачи ее реализации. Отмечено, что наиболее информативным критерием оценки эффективности здоровьесберегающей деятельности образовательного учреждения является уровень здоровья всех участников образовательного процесса. Представлены методологические подходы к современному пониманию здоровья как холистической модели, включающей физический, психический и социально-нравственный компоненты, изменяющиеся в процессе индивидуального развития, и их взаимосвязь с внешней средой (экологической и социальной). Дана характеристика каждого из компонентов здоровья, выделены критерии и показатели, их определяющие. С этой целью предложено проведение мониторинга основных показателей здоровья, который представляет собой динамическую количественную скрининг-диагностику уровня социально-психологической адаптации человека к различным условиям жизни. Описана авторская методика оценки физического и психического здоровья и безопасности участников образовательного процесса, представленная в форме электронного паспорта, проанализированы его достоинства и возможности использования для характеристики эффективности здоровьесберегающей деятельности, а также определены необходимые компетенции педагогов для их реализации. Представленные в статье методологические обоснования и методические подходы к проведению мониторинга и скрининга здоровья позволяют реализовать одну из основных задач, изложенных в "Законе об образовании" - объективную оценку здоровья субъектов образовательного процесса и эффективности здоровьесберегающей деятельности образовательной организации.